千国高校に入学することとなった主人公・前田淳道。
華々しい高校生活が始まるかと思われた矢先、淳道は天狗と蛟の陣大将の戦いを目撃してしまう。
彼らとの出会いをきっかけに淳道は妖怪たちの争いに巻き込まれていく。

千国高校編

―天狗・蛟の戦い―
淳道は入学式の帰り道、ある少年と少女が戦っている場に遭遇してしまう。
その少年は、クラスで初めて自分に声をかけてくれた少年、北条颯だった。
淳道は颯から千国町に隠れ住む妖怪たちと、陣大将の存在について聞く。天狗の陣大将である颯は淳道にこれ以上危険な戦いに関わらないように言うが、互いの目的のために闘う颯と龍子の関係に納得がいかない淳道は、再び彼らの戦場に向かう----

―ぬらりひょんの戦い―
淳道たちは、颯と龍子の戦いを止めに入ったときに目覚めた淳道の力の正体を探るべく退魔師・鏡山柊のもとを訪れた。そこで彼らは、陣大将たちが次々に宣戦布告もなく突如襲われているという不穏な噂を耳にする。
そして帰り道、彼らの前に現れたのはぬらりひょんの陣大将・霧隠銀也だった。

―雪女の戦い―
淳道たちが苦戦した銀也をたやすくねじ伏せてしまった陰陽師・真田晴臣。
陰陽師陣大将を名乗る晴臣は、陣大将でもない、あくまで一般人である淳道にこれ以上妖怪たちと関わらないよう颯や龍子との接触を絶つよう告げた。
晴臣の言葉に納得がいかない颯と龍子。そんな時、彼らは雪女の陣に異変が起きているという噂を耳にする。

九条・葉上原編
新たな決意を胸に、再び颯たち陣大将とともに闘うことになった淳道。
雪女陣大将・姉川雪日も加えた一行は、千国町に漂う張り詰めた空気に違和感を感じ始める。
晴臣によると、千国町の東西に陣を構える狸と狐の対立が激化している影響だという。
千国町中の妖怪たちが各々狸と狐に付きはじめており、このままでは陰陽師真田家が見逃せなくなるほどの大規模な戦に発展しかねないと危ぶんだ晴臣は、対立する狸と狐の陣大将に接触を図る。

（随時加筆）